CLAEH está fuertemente asociado a la investigación de la realidad social uruguaya y latinoamericana. Durante estos 50 años se han desarrollado modelos de investigación propios, trabajado en distintas disciplinas, formado investigadores y publicado el resultado de las investigaciones realizadas.A partir de 1957 se realizaron varias investigaciones, destacándose por su importancia e impacto un estudio sobre la realidad rural del país. El Uruguay rural se publicó en 1964.

En 1973 después del golpe de Estado, a partir de una iniciativa de Juan Pablo Terra, el CLAEH toma nuevo impulso en sus investigaciones y actividades, promoviendo el pluralismo, el libre pensamiento, la libertad y las ideas democráticas.

En los años siguientes se realizan conferencias y seminarios sobre la situación de América Latina y la región que culminan en 1978 con la organización del Segundo Encuentro Latinoamericano sobre Investigación y necesidades humanas promovido por UNESCO.

En el mismo año se organizan el Departamento de Investigaciones organizado en cuatro programas: Historia, Sociología, Economía y Ciencias Políticas, a los que más tarde, en democracia, se sumó Desarrollo Local. Fruto de la labor de estos programas se comenzaron a realizar seminarios internos donde se presentaban los avances de las investigaciones, publicaciones y cursos.

A comienzos de los años noventa el Centro cobró plena autonomía institucional y se dispuso, desde sus compromisos básicos, a enfrentar los desafíos de una nueva etapa marcada por la democratización del país y los desafíos de la globalización. Investigó la pobreza y su infantilización, introdujo en el país la perspectiva del desarrollo local, desarrolló un modelo de intervención social, indagó en los rasgos más característicos de la política uruguaya y sus instituciones, estudió la historia del Uruguay, pensó los temas de la inserción internacional. Desplegó un fondo editorial propio y editó, hasta hoy, los Cuadernos del CLAEH, la más antigua revista de ciencias sociales del Uruguay.

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