La Universidad CLAEH (UCLAEH) está fuertemente asociada a la investigación de la realidad social uruguaya y latinoamericana. A lo largo de décadas, ha desarrollado modelos de investigación propios, ha trabajado en distintas disciplinas, ha formado investigadores y ha publicado el resultado de las investigaciones realizadas.
A partir de 1957 se realizaron varias investigaciones, entre las que se destaca, por su impacto, un estudio sobre la realidad rural del país. El Uruguay rural se publicó en 1964.
En 1973, después del golpe de Estado, a partir de una iniciativa de Juan Pablo Terra, hay un nuevo impulso en las investigaciones y actividades, siempre promoviendo el pluralismo, el libre pensamiento, la libertad y las ideas democráticas.
En los años siguientes se realizan conferencias y seminarios sobre la situación de América Latina y la región, que culminan en 1978, con la organización del Segundo Encuentro Latinoamericano sobre Investigación y Necesidades Humanas promovido por Unesco.
El mismo año, el Departamento de Investigaciones se organiza en cuatro programas: Historia, Sociología, Economía y Ciencias Políticas. Más tarde, en democracia, se sumó Desarrollo Local. Fruto de la labor de estos programas se comenzaron a realizar seminarios internos, en los que se presentaban los avances de las investigaciones, publicaciones y cursos.
A comienzos de los años 90, ya con plena autonomía institucional, la universidad se dispuso, desde sus compromisos básicos, a enfrentar los desafíos de una nueva etapa marcada por la democratización y por los desafíos de la globalización. Investigó la pobreza y su infantilización, introdujo en el país la perspectiva del desarrollo local, desarrolló un modelo de intervención social, indagó en los rasgos más característicos de la política uruguaya y sus instituciones, estudió la historia del Uruguay, pensó los temas de la inserción internacional. Desplegó un fondo editorial propio y consolidó la publicación de los Cuadernos del CLAEH, la más antigua revista de ciencias sociales del Uruguay.
